1992年7月1日，農委會依據《野生動物保育法》公告黑面腑O為珍貴稀有瀕臨絕種保育類野生動物，當時環保團體與各級政府都有「劃設黑面腑O保護區」的共識、但難以定案的狀態主因是當時主政的陳唐山縣長本身生態素養不高，同時正積極推動濱南案；縣政府則基於東漁塭區承租漁民的壓力，拒絕將東漁塭區納入範圍，而把保護區劃設於新浮崙汕及曾文溪右岸高灘地（黑面腑O很少出現的地方），保育團體認為東漁塭區是黑面腑O主要覓食區應優先劃設，故與縣府毫無交集。

2002年蘇煥智當選縣長後即著手處理這個燙手問題，將新浮崙汕及曾文溪右岸高灘地排除在外，納入保育團體主張的東漁塭區，而棲息環境與保護區範圍則由保育團體主張的1千2百公頃，減少為634公頃。此一新版計畫獲得農委會、學者與環保團體的認同，也使得爭議多年的黑面腑O保護區劃定問題終於塵埃落定。台南縣縣長蘇煥智也因長期投入黑面腑O保育工作，榮獲國際黑面腑O救援聯盟頒發「傑出領導獎」的表揚，並榮獲柏克萊加州大學校長伯達爾博士頒發「傑出大學社區合作獎」。

2008年2月20日農委會依據野生動物保育法第4條第2項預公告修正草案，將諸羅樹蛙列為第二級「珍貴稀有野生動物」。諸羅樹蛙為台灣特有種，主要分佈在雲林、嘉義及台南等地區。嘉義、雲林都分佈在竹林內，常因農業型態轉型、化學肥料及農藥濫用、土地開發等而導致棲地被嚴重破壞，或因道路切割而造成棲地零碎化；而在這些被破壞、被切割甚至消失的棲地，諸羅樹蛙常會集體消失滅絕，一隻也難以留存。根據研究估計全台諸羅樹蛙數量不超過兩萬隻。永康三崁店糖廠由於棲地完整面積大，人為干擾因子少，諸羅數樹蛙總量近2千隻（其他棲地數量皆小於1百隻）數量為全台最高。然而台糖公司計劃於永康三崁店糖廠進行住宅區開發案，並已由興總建設得標，計畫將以合建方式興建高達6百戶高密度高級獨棟住宅。我們誠懇呼籲台糖公司應立即宣佈停止此項開發計畫，同時也呼籲台南縣縣長蘇煥智拿出當年保護黑面腑O的精神來保護諸羅樹蛙。畢竟不論是黑皮或綠皮，都是同等珍貴的生命，應該獲得同樣的重視。